La Universidad Andina del Cusco, fue fundada el 05 de Octubre de 1979, por el Dr. Antonio Callo Cáceres, Dr. Néstor Bustos Silva, Mons. Luís Vallejos Santoni y el Dr. César Cornejo Foronda, inicialmente conformaron la Sociedad Promotora de la Universidad Andina del Cusco, para posteriormente cambiar por Asociación Civil Promotora.
El 23 de Mayo de 1984, fue creada por la Ley N° 23837, que dio origen legal a su existencia, teniendo como sede inicialmente el Parque de la Madre, para posteriormente instalarse en su local propio de la Urbanización Larapa Grande del Distrito de San Jerónimo. Desde su inicio ha cumplido con el proceso de organización e implementación, constituyendo una Institución destinada a ofrecer educación superior, realizar investigación y hacer proyección social al servicio de la comunidad, afianzando la primacía de la persona humana que es el fin supremo de la sociedad y del Estado; profundamente comprometida con el cambio social y contribuyendo a la creación de una sociedad justa, libre, solidaria, culta y al servicio del desarrollo local, regional y nacional.
La Universidad Andina del Cusco inicia sus actividades académicas el 5 de octubre de 1979, con la inscripción al primer concurso de Admisión que se llevó a cabo el 5 de mayo de 1980, con 1209 postulantes; y el dictado de clases en julio del mismo año con 712 estudiantes en ocho carreras universitarias. En cumplimiento de la Ley 23837 norma su organización y funcionamiento y en concordancia a la Ley Universitaria N°23733 organiza y establece su régimen de estudios a través de las Carreras Universitarias, Facultades, Departamentos Académicos, Centros de Investigación, Proyección Social, Bienestar Universitario, Fomento y Desarrollo Universitario y de Producción de Bienes y Prestación de Servicios.