La Universidad Nacional Amazónica de Madre de Dios, fue creada mediante Ley Nº 27297 de fecha 05 de julio del año 2000; con la finalidad de brindar servicios educativos de nivel universitario de calidad (formación profesional, investigación, proyección social y extensión universitaria), con las carreras profesionales de: Ingeniería Agroindustrial, Ingeniería Forestal y Medio Ambiente, Ecoturismo, y la Carrera Profesional Educación con especialidad de Matemática y Computación; así mismos se crea el Instituto de Investigación de Recursos Naturales y Medio Ambiente. Mediante Ley Nº 29371 de 2009 se modifica el artículo 3 de la Ley Nº 27297, Ley de creación de la Universidad Nacional Amazónica de Madre de Dios, y se crea 6 carreras profesionales más, entre ellas: Enfermería, Ingeniería Sistemas e Informática, Administración y Negocios Internacionales, Contabilidad y Finanzas, Medicina Veterinaria y Zootecnia, y Derecho y Ciencias Políticas. En actualidad la Universidad Nacional Amazónica de Madre de Dios viene funcionando con 3 Facultades de las cuales están conformadas por 10 Carreras Profesionales, contando con una población de 2,939 estudiantes al concluir el primer I semestre académico del 2016-I.
Después de la Ley Nº 27297, con Nº 060-2001 CONAFU se inicia los procesos de institucionalización y con Resolución N° 626-2009-CONAFU del 27 de noviembre de 2009, se logra la Autorización Definitiva de Funcionamiento. Actualmente es la institución de mayor jerarquía académica en la región, sustentada en el desarrollo y generación de valor que la nación, encarga al crear y difundir conocimiento, cultura, ciencia y tecnología con una definida orientación nacional y democrática, comprometida con la transformación La UNAMAD tiene por propósito formar profesionales idóneos y conscientes de sus responsabilidades, se encuentra ubicada en la ciudad de Puerto Maldonado Distrito y Provincia de Tambopata en el departamento de Madre de Dios. En el ámbito de influencia está constituido por las 3 provincias y 11 distritos del departamento Madre de Dios principalmente, irradiando su influencia al departamento del Cuzco y a todas las áreas fronterizas de Bolivia y Brasil.