Con auspicios de la corona española y del Poder Pontificio, el 3 de julio de 1677 el obispo de la Diócesis de Huamanga, don Cristóbal de Castilla y Zamora, fundó la «Universitas Guamangensis Sancti Christhophosi», destinando los diversos ambientes de su espacioso Palacio Episcopal para que sirviera como lugar donde se iban a formar los futuros bachilleres y doctores que deberían conjurar la suma pobreza de Huamanga, la Tierra de los Halcones.
Clausurada en 1886 y reabierta 80 años después, reiniciando sus labores académicas el 3 de julio de 1959 como «Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga».
Como pocas universidades en nuestro país, la de Huamanga ostenta el sello histórico de «Real, Pontificia y Nacional», y como principio inspirador fundacional la unidad dialéctica «Primum vivere, deinde philosophari», que recoge el concepto de la «experiencia, madre de la ciencia», fundamento que le permite seguir luchando contra la «extrema pobreza y la pobreza interior de los nombres».
Los más de trescientos años de existencia de la Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga han dejado una huella indeleble en la región, el país y por qué no decirlo, en la comunidad internacional. Sus incontables egresados, cumplen, unos, sus deberes ciudadanos ocupando puestos destacables en gobiernos locales como estatales contribuyendo al liderazgo institucional y, otros, llevan a cabo investigaciones de vanguardia en la temática científica y social, como la del desciframiento del genoma de la papa, que forma parte de uno de los estudios más importantes de las últimas décadas.